Emërtimi Jakovë figuron në të gjitha burimet deri më 1912, pas pushtimit serb, kur ia lëshoi përfundimisht vendin emrit Gjakovë për shqiptarët dhe Gjakovica për serbët.
Qyteti u shndërrua shumë shpejt në qendër të rëndësishme zejtare, tregtare, arsimore, politike dhe kulturore, e cila lidhej me Shkodrën, Kosovën, Sanxhakun dhe me vende të tjera të Ballkanit dhe të Evropës falë pozitës gjeografike, rëndësisë strategjike dhe banorëve shumë të zhdërvjellët e arsimdashës. Këtë e dëshmon sixhili, kronika e qytetit ku pasqyrohej tërë historia e tij deri më 1912, kur u asgjësua në Luftën e Parë Ballkanike nga forcat serbo-malazeze.
Me gjithë numrin në rritje të myslimanëve, shqiptarët pa dallim feje organizuan qëndresën kundër sundimit osman. Këtë qëndresë e shfrytzuan Fuqitë e Mëdha sa herë që ishin në luftë kundër Perandorisë Osmane. Më 1689 mijëra kryengritës shqiptarë në ballë me Pjetër Bogdanin iu bashkuan ushtrisë austriake, e cilia hyri edhe në Gjakovë, ku qëndroi deri pas disfatës së saj në Kaçanik më 1690.
Kryengritjët e njëpasnjëshme dhe epidemitë që i shoqërononin ato shkaktuan rënie në trevën e Gjakovës në gjysmën e dytë të shek. XVII dhe në gjysmën e parë të shek. XVIII. Por falë zhvillimit ekonomik të Çarshisë së Madhe ajo i kapërceu shpejt këto ngecje.
Ashtu si dhe më parë, Gjakova me rrethinë mori pjesë në të gjitha kryengritjët antiosmane të shek.XIX-XX, të organizuara gjatë Rilindjës Kombëtare Shqiptare me ç’rast arriti disa herë të dëbojë përkohësisht forcat qeveritare dhe të shpallë vetqeverisjën lokale. Me këtë rast u dalluan shumë krerë popullorë që lanë gjurmë të thella në kujtesën tonë nëpërmjet këngëve popullore dhe përmendoreve kulturore historike. Më 1837 kryengritësit gjakovarë dëbuan forcat osmane nga qyteti dhe shpallën vetqeverisjën e krahinave të tyre. Më 1845 kryengritësit në krye me Binak Alinë dhe Sokol Ramën çliruan përsëri Gjakovën, por shqiptarvrasësi Mehmet Reshit pasha, e shtypi me gjak kryengritjën. Dah Polloshka tentoi ta vriste pashain e egër osman.
Kryengritjet vazhduan edhe më 1860, kur malësorët në krye me Binak Alinë e Sokol Ramën thyen ekspeditën osmane në Ahmetgjakaj, kur, më 1862, Mehmet Ali pasha la në Malësi 1500 ushtarë të vdekur, kur, më 1866- 1868, Binak Alija, Shaqir Curri etj.i detyruan osmanët të pranonin vetqeverisjën dhe, kur, më 1871, Shaqit Curri dhe Binak Alija me shokë u burgosën në Nish, por malësorët rrethojnë Gjakovën dhe kërkojnë lirimin e tyre.
Përgatitjet për formimin e Lidhjës Shqiptare të Prizrenit filluan në Gjakovë që më 1877, kur Haxhi Zeka dhe Ahmet Koronica kontaktuan anglezët dhe vazhduan deri në formimin e saj më 10 qershor 1878.
Dega e Lidhjës Shqiptare në Gjakovë ishte ndër më aktivet dhe progresivet e saj. Ajo organizoi vrasjën e përfaqësuesit të Portës në Kongresin e Berlinit, mareshalit Mehmet Ali pasha, që arriti në Gjakovë në rrugën për t’ia dorëzuar Malit të Zi dhe Serbisë tokat shqiptare në bazë të vendimeve të Kongresit të Berlinit; dërgoi forcat vullnetare për mbrojtjen e Plavës e Gucisë dhe të Hotit e Grudës nga Mali i Zi; dëboi qeveritarët osmanë nga Gjakova.
Në Qeverinë e Përkohshme të 1881-shit bënin pjesë Sylejman Vokshi dhe Ali Ibra nga Dega e Gjakovës. Sylejman Vokshi, komandant i forcave të Lidhjës, çliroi Shkupin, Prishtinën, Vushtrrinë, Mitrovicën, Gjilanin, Kumanovën, Tetovën, Gostivarin, Dibrën etj, ndërsa Ali Ibra duhej të vendoste pushtetin e Lidhjës në Jeni Pazar.
Dega e Gjakovës dërgoi forcat e veta kundër Dervish pashës në Shtimje e Slivovë, ku komandanti Mic Sokoli e mbulloi me gjoksin e tij topin turk.
Pas thyerjës ushtarake të Lidhjës, Dervish pasha nuk arriti ta stablizojë pushtetin në Gjakovë deri më 1885, kur mareshali Vesel pasha arrestoi Sylejman Vokshin, i cili po orvatej të rimbëkëmbëte degët e Lidhjës Shqiptare.
Lëvizja për autonominë e Shqipërisë vazhdoi edhe më tutje me themelimin e Lidhjës së Pejës më 1889, me ç’rast u dallua Bajram Curri.
Gjakova ishte arenë luftimesh edhe në kryengritjët e viteve 1909,1910 dhe 1911.
Gjakovarët dhanë ndihmesën e tyre edhe në Kryengritjën e Përgithshmevititit 1912. Në prill 1912 kryengritësit e Rekës, të Krasniqës dhe të Hasit, të prirë nga Bajram Daklani, Zefi i Vogël, Qerim Binaku, Miftar Syla etj. sulmuan Gjakovën. Kjo krijoi kushtet për mbajtjen e Kuvendit të Junikut, i cili kërkoi organizimin e kryengritjës në shkallë kombëtare dhe formuloi kërkesat për autonominë e Shqipërisë.
Për shkak të zvarritjës së bisedimeve shqiptaro-turke, kryengritësit marshuan drejt Shkupit. Grupi i parë në ballë me Zefin e Vogël dhe Bajram Daklanin hynë në Shkup, ku Bajram Daklani shpalosi flamurin shqiptar.
E frikësuar nga sukseset e kryenngitjës Aleanca Ballkanike i shpalli luftë Turqisë. Më 6 nëntor 1912, forcat serbo-malzeze e ndanë qytetin e Gjakovës në dy pjesë. Malazezët plaçkitën dhe dogjën Çarshinë e Madhe dhe pjesë të tjera të qytetit me rrethinë. Ato konvertuan me forcë myslimanët dhe katolikët shqiptarë në ortodoksë.
Me vendimin e Konferencës së Ambasadorëve në Londër më 1913 Gjakova ngeli nën sumdimin serb.
Gjatë Luftës së Parë Botërore Gjakova ishte nën sundimin austrohungarez deri më 1918, kur hyri përsëri ushtria serbe.
Pas ripushtimit gjendja e përgjithshme ishte e padurueshme. Reforma agrare dhe kolonizimi e vështirësoi së tepërmi gjendjen e fshatarësisë. Në rrethin e Gjakovës u kolonizuan 2100 familje që kishin në dispozicion 29.093,35 ha tokë.
Për ndryshim nga shqiptarët e tjerë të Kosovës që shpërngulëshin në Turqi, gjakovarët shpërngulëshin në Shqipëri, ku organizoheshin në luftë për çlirimin e vëndit. Bajram Curri, Niman Ferizi, Qazim Bakalli etj. që ishin shumë aktivë në Komitetin për Mbrojtjën Kombëtare të Kosovës, i cili luftonte me mjete politike në Lidhjën e Kombëve, angazhoheshin edhe me armë në çetat e kaçakëve për çlirimin e Kosovës nga zgjedha jugosllave.
Pas kapitulimit të Jugosllavisë më 1941, u kthyen në Gjakovë shumë djem të shkolluar në Shqipëri, të cilët u punësuan në administrate, në arsim e në institucione të tjera, të cilët sollën idetë e reja të luftës kundër fashizmit. Këta organizuan qëndresën antifashiste.
Ngjarja më e rëndësishme e kësaj periudhe ishte organizimi i Konferencës së Bujanit, i parlamentit të parë në historinë e re të Kosovës, ku morën pjesë përfaqësuesit e të gjitha nacionaliteteve, të cilët formuan qeverinë e parë të Kosovës.
Barrën kryesore për mbajtjën e kësaj mbledhjeje e kishin gjakovarët.
Në Konferencë u mirtua Rezoluta, e cila, në bazë të të drejtës për vetëvendosje, kërkonte bashkimin me Shqipërinë. Hartues të saj ishin gjakovarët Hajdar Dushi, Zekeria Rexha dhe Xheladin Hana.
Pas luftës nuk e përfillën këtë Rezolutë as Jugosllavia, as Shqipëria.
Në Gjakovë dhe në Malësi ekzistonte edhe një lëvizje tjetër nacionaliste antifashiste në krye me Gani Kryeziun, e cila ishte e orientuar kah aleatët angloamerikanë. Rreth saj u grumbulluan patriotë me orientime politike perëndimore si Selman Riza, Ejup Binaku etj.
Për merita të jashtëzakonshme gjatë periudhave të ndryshme historike u shpallën në ish Jugosllavi dhe në Shqipëri dhjetë gjakovarë heronj të popullit.
Traditat shekullore liridashëse gjetën shprehjën e plotë edhe në luftën e UÇK-së. Në qytet gjetën strehim rreth 50 mijë fshatarë të zonave të përfshira në luftë, ndonëse këtë buajri disa e paguan me kokë. Rreth 20 mijë prej tyre, me të filluar bombardimet e NATO-s, ikën nga terrori serb në qytet dhe u vendosën në Raçë dhe Moglicë.
Gjakova ishte i vetmi qytet që e kundërshtoi ashpër politikën e braktisjës së trojeve stërgjyshore, i vetmi qytet që formoi Brigadën 137 “Gjakova” të UÇK-së, i vetmi qytet ku u zhvillua luftë guerile, që nuk iu konvenonte forcave ushtrarake, policore dhe paramilitare serbe. Prandaj, forcat serbe dogjën Çarshinë me 168 shtëpi, 423 dyqane, Kompleksin e Teqesë së Bektashinjve, Kompleksin e Medresesë së Madhe dhe të gjitha përmendoret kulturore historike të tjera.
Në Komunën e Gjakovës me 70 fshatra të djegura u dogjën 6200 shtëpi banimi dhe objekte të tjera përcjellëse, 47 objekte kuturore historike e fetare, 18 objekte shëndetësore, 23 shkolla dhe 80 përqind e infrastrukturës.
Gjatë luftës ranë 180 dëshmorë, 609 të zhdukur, 645 viktima civile dhe 324 të burgosur.
Pas luftës u dënuan nga regjimi i Millosheviqit 154 civilë të pafajshëm me 1632 vjet burg.
Pasojat e luftës ndjehën edhe sot në të gjitha fushat e jetës.